由于纤维连接蛋白化妆品是一种蛋白质，对环境因素较为敏感。化妆品配方师需精心设计配方，确保其稳定性。例如，调节化妆品的 pH 值至接近皮肤生理 pH 值（约 5.5 - 7.0），避免因 pH 值不适导致蛋白变性。同时，添加合适的缓冲剂，维持体系 pH 值稳定。​

温度也是影响纤维连接蛋白稳定性的重要因素。高温易使蛋白失活，因此化妆品在储存和运输过程中要避免高温环境。此外，选择合适的防腐剂至关重要，既能防止微生物污染，又不能与纤维连接蛋白发生化学反应影响其活性。​

一些先进的化妆品生产技术，如微胶囊包裹技术，可将纤维连接蛋白包裹在微小的胶囊内，使其与外界环境隔离，提高稳定性。在使用时，微胶囊在皮肤表面破裂，释放出活性纤维连接蛋白，确保其在化妆品中的功效得以充分发挥，为消费者带来良好的护肤体验 。